他认为，应考虑我国大部分高校的公立性质。“学校不是商业机构，不能根据学生未来会赚多少钱来确定收多少学费，要根据教育成本来计算，学生以后赚得多学费就收得多，那学校不是害了红眼病吗？”

高等教育研究者熊丙奇虽然也认同“即便是面向市场收费，也应该以教学为本，不能以赚钱为目的”，但他认为，学校可以根据市场的教学需求来制定收费标准，如果一个学校报考的人数多，这个学校的学费自然要贵一些。

不过，他也提出了一个“费用支付原则”。他介绍，在国外，基本上有两个原则：一是受教育者支付整个教育成本20％的费用；二是受教育者的支付额度占国民人均可支配收入的20％。

但目前中国突破了这两个原则，硕士研究生支付教育成本的费用占30％到40％，远远高于国外。现在，中国的高等教育成本支出占农村国民人均收入的160％左右。因此在中国，个人高等教育的支出远远高于理论上应该占有的比例。

专门研究过硕士研究生学费问题的北京大学教务部副部长卢晓东在一篇论文中认为，本科高等教育属于准公共产品，具有很多私人产品属性。研究生教育公共产品的属性更少，私人产品属性更多。因此，可以将研究生教育视为私人产品，这是研究生上学应当缴纳学费的理由。

卢晓东认为，研究生的生均成本很难准确计算，特别矛盾的是，估计生均成本较高的理工类学科，报名人数却很少。比如，北京大学二级学科粒子物理与原子物理，连续几年硕士报名录取比例平均为2：1，生源已成为学科发展的大问题。然而，估计生均成本很低的社科类学科，如民商法连续几年硕士报名录取比平均为17.5：1，学费超过成本后仍有许多学生报考。

他还提出一个“校内财政转移支付”的概念（《复旦教育论坛》2003年第6期），就是学校利用学费再分配的权力，采取财政补贴的方式对在市场经济背景下的不利学科——学术型学科进行资助，以保持学科间的平衡发展。

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